Presente a Figline fin dal 1926, la scuola nasce in seguito alla riforma scolastica del 1923 negli ambienti storici del Convento di S. Francesco, fino allora occupati dagli uffici comunali. La tendenza nazionale a un riavvicinamento tra lo Stato e la Chiesa porta l'amministrazione cittadina a restituire tutto l'ambiente del Convento di S. Francesco ai Padri francescani. Chiede in cambio l'obbligo di aprire e mantenere un ginnasio inferiore e superiore ed eventualmente altri corsi superiori, tutti gratuiti. Concede un contributo per i restauri degli edifici.

La scuola apre, previa autorizzazione del Provveditorato agli Studi di Firenze, il 30 agosto 1926, prendendo il nome dal celebre umanista e filosofo rinascimentale Marsilio Ficino, nato a Figline Valdarno nel 1433.Finalmente la vallata dispone di un istituto di istruzione superiore, fino ad allora inesistente nell'area tra Arezzo e Firenze. Nel 1936 la scuola ottiene il riconoscimento legale per il Ginnasio e nel 1946 per il Liceo classico.

Per molti anni l’insegnamento è svolto dai Padri francescani laureati nelle diverse discipline di studio, mentre a partire dagli anni Ottanta ai Padri Francescani si affiancano insegnanti laici regolarmente assunti nell'Istituto. Oggi la presenza dei Padri francescani della Provincia Toscana è assicurata da alcuni religiosi che insegnano nella scuola e vivono nel Convento adiacente.

La direzione didattica è stata affidata alla Comunità di San Leolino della Diocesi di Fiesole che mette a disposizione dell’Istituto un dirigente scolastico e alcuni docenti che fanno parte della Comunità. La maggior parte del corpo docente è composto oggi da insegnanti laici specializzati e abilitati che condividono il progetto educativo della scuola e gli ideali cristiani e francescani che da sempre la caratterizzano.