L'Istituto Marsilio Ficino è gestito dai Frati Minori della Provincia Toscana di San Francesco Stigmatizzato.

Caratteristica dell'ordine francescano non è soltanto la scelta della povertà e della semplicità di vita, ma anche l'amore per la culturanel suo aspetto di strumento di promozione spirituale, umana e sociale.

Fin dal Medioevo, infatti, si sviluppò nell'Ordine francescano una sensibilità particolare per la cultura che si concretizzò sia nella redazione di testi di spiritualità francescana, sia nella nascita di una corrente filosofica alternativa alla filosofia tomistica domenicana.

Illustri teologi francescani, come san Bonaventura da Bagnoregio, Duns Scoto e Guglielmo di Ockham insegnarono nelle università e scrissero importanti trattati di mistica e di teologia. Fedeli allo spirito di san Francesco d'Assisi, espresso così bene nel Cantico delle creature, i teologi e i filosofi francescani hanno impresso così alla ricerca intellettuale un soffio spirituale ricco di intuizione e di poesia.

Anche l'atmosfera didattica e culturale dell'Istituto “Marsilio Ficino" è permeata di questa particolare spiritualità, che fa parlare ancora oggi di umanesimo francescano.

I Figli di san Francesco, inoltre, mantengono vivo per tradizione il senso del radicarsi nella società, con la disponibilità gioiosa e confidente di un servizio agli altri. Nella storia recente di Figline vengono ricordati non solo per l'opera educativa svolta nella scuola, ma anche per il contributo che hanno dato allo sviluppo culturale e sociale della comunità civile.

L'Istituto “Marsilio Ficino" mantiene ancora vivo il legame con alcuni luoghi storici significativi della spiritualità francescana. Ogni anno organizza per gli studenti gite ad Assisi e ritiri spirituali nel Santuario francescano de La Verna.